재일 유학생을 중심으로 한 교회가 도쿄에 세워진지 올해로 98주년을 맞이했다. 비록 일본선교가 나라를 빼앗긴 유학생들을 중심으로 시작됐지만 현재 일본에서 사역하고 있는 한국인 선교사가 평신도전문인선교사를 포함해서 500~700에 이를 정도로 러시아, 중국에 이어 3번째로 많은 선교사를 파송한 나라가 됐다. 파송현황은 대략 재일대한기독교회가 1백여명, 초교파선교단체와 교단선교부가 4백명, 평신도선교사가 2백명 정도이다.

국제선교단체들과의 협력사역을 하고 있는 단체로는 OMF. YWAM등이 있으며 일본교단과의 협력사역은 GMP, 인터콥, JEM, 바울선교회, 각교단선교부 등이 있다. 신학교교수사역으로는 있는 홍기표선교사(일본그리스도성협단신학교), 김환선교사(일본동경기독교신학교) 일본교단신학교 졸업후 교단교회에서 사역하는 예로는 이병용선교사(오사카타츄미), 신성일선교사(요코하마 이즈미교회) 윤병갑선교사(일본동맹기독교단 히다치 은혜그리스도교회) 재일동포사역(재일대한기독교회)으로는 손일구(오카사)목사, 김군식(동경)목사등이 있다.

최근 일본선교는 평신도선교사(UBF등)와 JEM, CCC등 하계동계 선교대회 및 단기선교사역등이 이루어지고 있으며, 찬양사역자, 교회개척동역자, 협력사역자, 제자훈련사역, 기도원사역자, 미전도 지역 개척목회자, 피아노반주자, 주일학교사역, 청년부사역, 컴퓨터 사역, 설교사역 등의 사역자들이 필요한 실정이다.

일본복음선교(대표:백종윤목사)도 활발한 사역을 진행하고 있는데 한국교회 안에 일본선교를 위한 정보제공과 정보교류, 선교사를 위한 기도모임을 매주 목요일 갖고 있다. 또한 선교정보지 미션재팬발간, 미션재팬단기선교, 일본선교훈련원, 인터넷홈페이지 등의 사역으로 한국교회의 일본선교에 대한 정보제공과 가교 역할을 담당하고 있다.