고신총회(총회장:김성천 목사)는 이번 총회에서 그동안 골머리를 앓아오던 고려신학대학원의 3명의 교수 문제를 처리했다. 신대원 교수 문제는 고신총회가 오래 전부터 해결하지 못한 채 여전한 불씨를 안고 있는 문제여서 이번 총회에서도 관심이 집중되던 안건이었다. 

이성구 교수의 해임 촉구에 대한 청원은 노회에서의 판단에 어려움으로 인해 총회에 다시 질의한 것으로, 그동안 고려신학대학원이 이 교수에게 수업을 배정하지 않음으로써 이 교수가 교육부에 소청심사를 청구, 학교가 총회의 결정을 따르겠다는 입장을 보였다. 이에 대해 총회는 이성구 교수에 대한 해임을 재차 촉구하되 해임의 근거를 찾아 법적인 절차를 밟아 나가기로 했다.

2006년 발표된 논문으로 인해 고신교단의 역사적 정체성 부인하고 있다는 이유로 신학에 대한 검증 및 징계가 청원된 양낙홍 교수의 건은 신학위원회에 맡겨 1년 동안 조사 후 보고하기로 했다. 

최덕성 교수에 대한 입시 부정 의혹에 대해서는 “이사회의 법적 치리와 교회의 권징이 함께 시행돼야 한다”는 보고를 받고, 치리는 노회에 맡기되 이에 대한 이의가 있을 경우에는 총회에서 다시 논의하기로 했다.

최근 고려학원 정상화를 회복한 고신총회는 이를 위한 후속 조치들을 계속 추진하기로 했으며, 이를 계기로 제2의 도약을 이루기 위한 총회적인 역량을 결집하기로 했다.   

빈야드운동과 신사도운동을 포함하는 그와 유사한 운동 등에 대해서는 불건전한 운동으로 규정해 달라는 유사기독교연구위원회의 보고를 그대로 받고, 교단 목회자들의 참여를 금지했다. 위원회는 이와 관련, “빈야드운동이 근본적으로 성령운동에 의한 복음전파와 교회성장에 강조점을 두고 있지만, 사도행전적인 성령의 표적과 기사는 지금도 일어난다고 가르치며, 설교보다는 표적과 기사를 강조하고 있다”고 말하고 “피터 와그너의 신사도운동 역시 빈야드운동과 마찬가지로 예수님과 사도들과 초대 교회에 일어났던 성령의 역사가 오늘날도 그대로 재현될 수 있다고 믿는 운동”이라고 지적했다.

또한 셀교회와 가정교회에 대한 신학적 검토가 필요하다는 지적에 따라 신학대학원 교수들에게 맡겨 6개월 동안 연구 후 보고하도록 했다.

고신대학교 선교목회대학원에 외국인 목회학 석사과정을 개설해 달라는 안건에 대해서는 개설을 허락하고, 외국인을 대상으로 개혁주의 신학을 교육하고 목사 후보생 양성 후 자국민을 위한 현지 선교인 양성에 주력하기로 했다.