교회는 비영리법인으로 간주한다. 교회가 처음 개척할 때 담임목사가 앞장서서 교회의 토지를 사고 교회를 건축한다. 토지 등기는 담임목사의 명의로 등기하고 교회 건축도 담임목사의 명의로 건축 허가해 보존 등기까지 마쳤다. 그러나 건축비가 부족해 은행 융자도 대출받았다.
교회 명의로 토지와 건물이 등기됐을 때 시중 은행융자가 불가능하다고 한다. 요즈음은 제2 금융권과 일부 극소수 은행에서 은행 융자를 실시하고 있는 것을 볼 수 있다. 담임목사 명의로 등기된 재산은 교단 유지재단에서도 재단 편입 등기도 꺼려한 때가 있었다. 그러나 재단 편입을 받으면서 개체 교회가 은행 융자를 책임지고 변제할 것을 확인서를 받는다.
모든 교회의 재산은 재단법인 000유지재단 이사장으로 증여 등기해 종교용 재산으로 보호받아야 된다.
국세청 당국에서 국세 기본법 제13조 제2항과 국세 기본법 시행령 제8조 제1항의 규정에 따라서 개체 교회의 재산을 1)법인으로 보는 단체의 승인신청서 2)법인으로 보는 단체의 대표자 등의 선임(변경) 신고서를 신고 받는다. 여백에 고유번호 82번 발급 요망이라고 표시한다. 여기에 필요한 서류는 △교회의 정관 △대표자 목사의 재직증명서(총회장 발행) △대표자 목사의 소속증명서(총회장 발행) △대표자 목사의 대표자증명서(총회장 발행) △대표자 목사의 주민등록등본 △교회 토지 및 건축물 대장 등이다.
전문인 등에게 위임할 때는 위임장, 인감증명서(대표자 위임용)가 있어야 된다. 교회가 소재하는 세무서의 민원실에 접수하면 10일이 경과하면 관할 세무서장은 다음 서류를 발급한다.
1)고유번호증(000-82-00000):수익 사업을 하지 않는 비영리법인 및 국가 기관 등.
2)법인으로 보는 단체의 승인 여부 통지서.
3)법인으로 보는 단체의 국세에 관한 의무 이행자 지정 통지서를 발급한다.
위 개체 교회의 고유번호증 등을 발급받고 우선적으로 등기하고 종교 목적에 3년 이상 사용하고 양도했을 때 양도소득세를 비과세 받을 수 있다.