종교단체는 비영리법인으로서 종교활동 등 고유목적사업을 위한 수입과 지출을 회계처리하는 [고유목적사업회계]만 있는 것이 원칙이지만, 만약 수익사업이 있는 경우에는 [고유목적사업회계]와 고유목적사업 외에 수익사업에서 발생하는 수입과 지출을 회계처리한 [수익사업회계]로 구별하여 기장을 하여야 한다.
만약 종교단체가 수익사업이 없이 고유목적사업만 영위하는 경우라도 종교인 소득 원천징수의무 등 세법상 의무와 관련하여 세무관서의 세무조사 등에 대비하여 종교인 소득을 포함하여 모든 종교활동과 관련된 수입과 지출을 회계처리하는 [종교단체회계]와 종교인 소득 지급내용과 종교활동을 위해 지출한 금액을 기재한 [종교인 회계]로 구분하여 기장 할 수 있다. 이를 효과적으로 이행하기 위해서는 [종교인 회계]에 기록할 종교인 소득과 지출을 일목요연하게 알 수 있도록 금융기관의 금융계좌를 구별해서 개설 · 운영하는 것이 구분 기장에 편리하다.
한편, 소득세에 관한 사무에 종사하는 공무원은 그 직무 수행 상 필요한 경우에는 질문을 하거나, 장부·서류나 그 밖의 물건을 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다.
종교인 소득에 대해서는 종교단체의 장부·서류나 그 밖의 물건 중에서 종교인 소득과 관련된 부분에 한하여 조사하거나 그 제출을 명할 수 있다(소득세법 170조 단서). 그러나 공무원은 종교단체가 종교 활동과 관련하여 지출한 비용을 구분하여 기록 · 관리한 장부 등에 대하여는 바로 조사하거나 그 제출을 명할 수 없다. 이에 따라 세무공무원이 질문 · 조사권을 행사하기 전에는 반드시 종교 관련 종사자나 종교단체에 대하여 먼저 수정신고를 안내하도록 하여야 하며, 종교인 소득에 대한 세무조사시에도 절차적으로 일정한 제한을 두어야 한다(소득세법 시행령 222조). 세무에 종사하는 공무원이 세무조사 등 질문 · 조사하는 때에 종교단체가 종교 관련 종사자에게 지급한 금품 등 외에 종교활동과 관련하여 지출한 비용을 구분하여 기록 관리한 경우에는 종교활동 관련 기록 장부나 서류에 대하여는 조사를 하거나 그 제출을 명할 수 없다.
만약 종교단체가 종교 관련 종사자에게 지급한 금품 등과 종교 활동과 관련하여 지출한 비용을 구분하여 기록·관리하지 않은 경우라도, 장부 등을 제시할 수는 있으나 원칙적으로 종교활동과 관련하여 지출한 비용에 대하여는 세무조사를 할 수 없다(소득세법 시행령 제222조).
베들레헴교회 담임·기독교행정학 박사
