세금을 부과·징수하는 과정에서 납세자의 권리가 부당하게 침해되는 사례가 발생함에 따라, 납세자의 권익침해 방지와 납세자의 권리를 보장하는 제도적 장치가 세법에 규정되어야 한다는 문제가 제기되기 시작했다. 이에 따라 1997년 7월 1일에 납세자권리헌장을 제정·시행하게 되었고, 2006년 12월 30일에 국세기본법상 납세자 권리보호 관련규정 일부가 개정되고 그 취지에 맞도록 동 헌장도 일부가 보완되었다.
납세자권리헌장의 주요내용은 다음과 같다. 1. 납세자 성실성 추정: 종교인 납세자는 성실하며 종교인 납세자가 제출한 세무자료는 진실한 것으로 추정한다. 2. 세무조사권 남용 금지: 종교인 납세자는 세무조사의 사전통지와 조사결과의 통지를 받을 권리가 있고, 불가피한 사유가 있는 경우에는 조사의 연기를 신청하고 그 결과를 통지 받을 권리가 있다. 3. 세무조사시 조력을 받을 권리: 종교인 납세자는 세무조사시 조세전문가의 조력을 받을 권리가 있고, 법령이 정하는 특별한 사유가 없는 한 중복조사를 받지 않을 권리가 있다. 4. 세무조사 기간: 종교인 납세자는 세무조사 기간이 연장되는 경우에, 그 사유와 기간을 문서로 통지받을 권리가 있다. 5. 비밀유지: 종교인 납세자는 자신의 과세정보에 대한 비밀을 보호받을 권리가 있다. 6. 정보의 제공: 종교인 납세자는 권리의 행사에 필요한 정보를 신속하게 제공받을 권리가 있다. 7. 종교인 납세자는 위법적인 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익을 침해당한 경우에 적법하고 신속하게 구제받을 권리가 있다. 8. 종교인 납세자는 위법적인 또는 부당한 처분으로 권리 또는 이익을 침해당할 우려가 있는 경우에, 그 처분을 받기 전에 적법하고 신속하게 구제받을 권리가 있다. 9. 종교인 납세자는 국세공무원으로부터 언제나 공정한 대우를 받을 권리가 있다.
세무공무원은 다음 중 어느 하나에 해당하는 경우에는 납세자권리헌장의 내용이 수록된 문서를 종교인 납세자에게 교부하여야 한다.
① 조세범처벌법의 규정에 의한 범칙사건에 대한 조사를 하는 경우
② 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 경우
③ 사업자등록증을 발급하는 경우
한편 세법은 과세전적부심사제도를 시행하고 있다. 이 제도는 과세관청이 세무조사결과에 대하여 서면통지하거나 과세할 내용을 미리 종교인 납세자에게 알려주고 그 통지내용에 따른 과세가 적법한지의 여부에 관해 납세자가 과세적부심을 청구하도록 하고, 적부심사결과 종교인 납세자의 주장이 타당한 경우에는 납세고지 전에 내용을 자율적으로 시정하는 제도이다. 이 제도는 과세처분 전 단계에서 종교인 납세자의 권리가 침해되지 않도록 공정하고 신속하게 보호·구제하기 위한 취지에서 시행하고 있다.
