답) 공익을 목적으로 출연된 기본 재산이 있는 재단으로 등기되지 않은 것과, 주무 관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로 등기되지 않은 것은 국세 기본법 시행령 제8조에 의거해 법인으로 본다.
재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아야 된다. 고유번호 82번인 고유번호증을 세무서장으로부터 신고해 발급받는다.
이러한 교회는 유사종교법인으로 본다. 이렇게 고유번호증(고유번호 82번)도 없는 교회는 개인으로 본다(제일 46014-428. 96. 2. 14).

▶목사 개인 소유로 교회 부동산을 등기하고 종교 목적에 3년 이상 사용하다가 양도했다. 양도 대금 전액을 기본 재산이 있는 종교유지재단인 종교단체의 명의로 취득 등기했다. 이때 국세와 지방세 세금이 나오는가?

답) 목사 개인 소유로 교회 부동산을 취득하면 취득세와 등록세를 납부해야 한다(대법원 판례, 행정자치부 장관 심판례). 사실상 교회를 사용하는 관계 서류를 제출하면 재산세는 비과세 할 수 있다.
목사 명의로 된 교회 재산을 3년 이상 종교 목적에 사용하고 양도할 때 양도소득세가 과세된다(대법원 판례).
새로 취득한 기본 재산이 있는 종교유지재단인 종교단체도 취득할 때 취득세, 등록세와 재산세를 비과세 받을 수 있다.

▶교회의 부동산을 담임목사 명의로 등기했다. 이 부동산을 교회의 종교 목적에 사용했다. 그러나 담임목사의 소천 후 어떤 절차로 교회 재산을 관리하고 유지할 수 있나?

답) 담임목사의 직계존비속 상속인(부인, 자녀)에게 상속 등기를 한다. 직계존비속에 대한 상속이 끝난 후에는 상속인은 인감증명서를 첨부해 교회나 교단 유지재단에 증여등기를 하면 된다.
이때 필요한 서류는 △토지와 건물의 등기권리증 △토지와 건축물의 관리대장 △토지와 건물 등기부 등본 △유가족의 인감증명서와 인감도장이 있어야 한다.

▶교회의 어떠한 재산(부동산)에 대해 비과세 되는가?

답) 교회의 종교용 재산, 예배당, 교육관, 담임목사 선교용 주택, 교회에 인접한 주차장(연건평 약 1/4 면적의 주차장 토지, 연건평 4백평일 경우 1백평의 주차장 토지에 한함)이 혜택을 받을 수 있다.

/문래동교회·세무사