종교인소득을 지급한 종교단체에서 원천징수와 연말정산을 하지 않은 경우에 소득이 있는 종교 관련 종사자는 다음 해 5월 말까지 직전 연도에 지급받은 소득에 대해 근로소득이나 기타소득(종교인소득)으로 선택해 종합소득세 과세표준확정신고를 해야 한다.
종교 관련 종사자가 종교인소득 외에 다른 소득이 있는 경우에는 종교인소득의 원천징수 및 연말정산과 관계없이 종교인소득과 다른 소득을 합산하여 종합소득세 과세표준확정신고를 하여야 한다. 여기서 종합과세 대상 다른 소득이라 함은 모든 사업소득, 모든 근로소득, 연간 소득금액 300만원 이상의 기타소득, 연간 소득금액 2천만원 이상의 금융회사 이자·배당소득을 말한다. 신고기간은 일반적인 경우에는 다음연도 5.1~5.31까지이나, 성실신고 확인 대상자로서 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 다음연도 5.1~6.30까지이다. 과세기간 중 사망(출국)하거나, 다음연도 1.1~5.31 중 사망(출국시)에는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터 6개월이 되는 날 또는 출국일 전날까지 신고하면 된다.
과세표준확정신고시 종교인소득만 있는 자로서 종교단체가 원천징수를 하지 아니하였거나, 종교인소득 연말정산을 하지 아니한 경우에는 소득세법 시행규칙【별지 제40호 서식 (5)】 종합소득세 과세표준확정신고 및 납부계산서(단일소득-종교인소득자용)으로 , 종교인소득외 다른 소득이 있는 경우에는 소득세법 시행규칙 【별지 제40호 서식 (1)】종합소득세 과세표준확정신고서로 신고 하여야 한다. 작성된 신고서는 첨부서류와 함께 가까운 세무서에 방문하거나 우편 등으로 제출할 수 있고, 국세청 홈택스(www.hometax.go.kr)에 접속하여 전자신고를 할 수 있다. 신고시 납부할 세액이 있는 경우에는「자진납부계산서(영수증서)」에 납부할 종합소득세액을 기재하여 5.1부터 5.31일 사이에 은행 또는 우체국 등에 납부하여야 하며, 인터넷 등을 통하여 전자납부도 가능하고, 세무서에 카드납부를 할 수도 있다.
또한, 자진납부세액이 1천만원을 초과하는 경우에는 분할납부가 가능하며, 종합소득세신고서의 「분납세액」란에 분납금액을 표시하면 된다. 환급세액이 발생한 경우에 관할세무서장은 국세환급금 중 체납된 국세 등이 있는 경우 이를 충당한 후의 잔여금은 법정신고기한 종료일부터 30일 이내에 신고인이 신고서에 표시한 은행이나 우체국의 예금계좌로 송금하거나, 환급통지서를 교부하여 준다.
