대한민국은 종교의 자유가 있는 국가이므로, 종교 선택의 자유와 종교 교육의 자유가 보장되어 있으나, 유감스럽게도 대한민국에서는 엄격한 의미에서 미션학교는 존재하지 않는다. 대부분의 기독학교들은 설립이념이 기독교정신이어서 교육철학이 기독교적인 방향만 유지할 뿐이지, 진정한 미션학교는 존재하지 않는다는 것이다. 선교를 목적으로 설립한 미션학교와 기독교 복음을 바탕으로 교육을 하는 기독학교는 엄격한 의미에서 다르다.
기독학교는 당연히 사립학교이다. 사립학교는 자주성과 자율성을 지녀야 한다. 기독학교는 학교이기에 당연히 공공성 확보를 위해서 교육을 하고 있다. 그런데, 기독학교가 건학이념에 충실한 교육을 제대로 못한다면, 이 학교는 미션학교는 차치하고, 기독학교라고도 할 수가 없는 것이다.
한국교회는 우리나라의 기독학교가 위기라는 것을 제대로 인지해야 한다. 이미 사립 중학교들은 준 공립화 된 지 오래 되었다. 기독 이념으로 세워진 중학교도 예외는 아니다.
국가가 잘못 생각하고 있는 것이 있다. 사립중학교에 정부가 재정결함 부분을 지원해 주고 있기 때문에, 학교라는 공적영역에서는, 아무리 기독교정신으로 설립된 학교라 할지라도, 사적영역에서만 가능한 특정 종교의 선교를 해서는 안 된다는 것이다. 특히 정부의 지원을 받으면서 특정 종교에 대한 종교 활동이 되어서는 안 된다는 것이다. 종교교육의 자유는 사적영역에서만 가능하다는 것이다. 기독학교가 자유롭게 비교과뿐만 아니라 정규 교과에서도 교육을 할 수 있도록 교육청은 기독교 사립학교에 교과편성의 일정 기준만 제시하고, 사립학교에 교과편성권을 부여해 주어야 하는 것이다.
분명하게 따져보면, 정부지원금은 학부모들이 낸 교육세 세금이다. 여기에는 기독교 교인인 국민이 낸 세금도 있을 것이다. 그렇다면, 기독교 교인이 낸 세금으로 자신의 자녀를 기독교학교에 보내는 경우에, 그에 해당되는 교육세를 정부지원 형태로 돌려주어야 하는 것이다. 그러므로 정부는 공립이나, 사립이나 조건 없이 지원을 해야 하며, 학생들은 본인이 스스로 선택하여 중학교, 고등학교를 지원하도록 해야 한다는 것이다. 기독교 사립학교에 학생선발권을 돌려달라는 것이다.
이와 같이 현재 사립 일반 중고등학교에서는 사립학교의 자율권이 거의 보장이 되어 있지 아니하므로, 교육부가 학생선발권, 교과편성권 등의 자율권을 보장해 주겠다고 해서, 일부 기독 사학은 특히 고등학교는 자율형 사립학교를 선택하게 된 것이다. 기독교 학교인 대광고등학교를 비롯하여 여러 기독사학들이 건학이념에 맞는 기독교 전인교육을 하고자, 자율형 사립고등학교를 신청했던 것이며, 정규 교과에서 기독교 관련 교과편성을 원했으며, 여러 가지 교육프로그램을 도입하고자 하였다.
자사고가 일반고보다는 좋은 교육환경과 교육프로그램으로 양질의 교육을 펼치니까, 많은 학생들이 자사고에 지원하게 되었다. 그러나 정부는 이것을 두고 우수학생을 빼어가는 자사고라고 자사고를 폄하시겼다. 일반고의 무너짐은 이미 평준화정책 시행 초기부터 있었던 일인데, 자사고 때문에 일반고가 무너지고 있다고 여론을 형성하고, 정부는 자사고 폐지 정책으로 돌아섰다.
일반고가 무너진 것은 자사고 때문이 아니다. 일반고의 붕괴의 원인은 일반고에서 찾을 수 있다. 현 정부 생각대로, 자사고 제도가 폐지되고, 자사고에 입학했던 몇몇 학생이 일반고로 입학해서 소위 이야기하는 명문대학에 몇 명 더 입학하게 된다고 해서, 대한민국 고등학교가 정상화되는 것은 결코 아니다.
일반고 살리기를 위해서, 우리 모두가 노력해야 한다. 그 일반고 안에는 많은 기독학교들이 있다. 기독학교들이 특색 있는 교육, 기독교 전인교육을 할 수 있도록 자율권을 정부가 보장해 준다면, 정부가 염려하는 것처럼 자율권을 주면 사학비리가 생기는 것이 아니고, 서로 서로 특색 있게 살아날 것이다. 공립학교, 사립학교, 기독교학교 등 모두 학교들이 서로 양질의 교육을 위해서 노력할 수 있는 교육 현실을 만들어 준다면, 기독학교가 굳이 기독교교육을 위해서 힘들게 자사고 운영을 고집하지는 않을 것이다.
그나마, 현재의 대한민국 교육의 틀 안에서는 자사고가 기독교교육하기에 조금은 유리할 것 판단하고 자사고를 유지하고 있지만, 노골적으로 자사고 말살 정책이 계속되고, 정부가 신뢰를 버리고, 자사고를 지정할 때의 운영 기준 변경과 관련 시행령이 변경되어서, 학생선발권, 교과편성권 등이 원활하지 못한 상황이며, 이제는 굳이 기독학교 운영을 위해서 자사고를 유지할 이유가 적어졌다.
기독교계는 기독학교의 어려움을 제대로 이해하고 도와야 한다. 기독교교계는 교회와 함께, 제도적으로 기독학교에서 기독교 교육이 온전하게 가능하도록 법률적인 검토와 관련법령 개정을 추진해야 하며, 기독 사립학교는 학생선발권과, 교과편성권을 갖고 기독교 전인교육을 펼쳐야 하며, 교회는 기독교 학교를 재정적으로도 도와야 한다. 크게 보면 이것이 기독교 복음 전도, 선교의 기본 방향이다. 기독학교가 살아야 한국교회가 산다.
