먼저 금식기도를 하기 전에 적당한 시간과 장소를 선정해야 한다. 또 담임목사나 주변의 경험자로부터 정보를 얻는 것이 좋다. 특히 기도원의 경우 시설과 자신의 준비사항 등을 철저히 점검하고, 요즘같은 여름철이라면 샤워시설 등을 체크해야 한다. 교통편이 불편하다면 그곳에서 보식이 가능한지도 알아봐야 한다.

금식기도는 사람에게 보이기 위한 외식적 기도가 되지 않도록 주의해야 한다. 또한 단지 음식을 먹지 않는 것이 금식기도라는 생각을 해서는 안된다. 기도가 빠진 금식은 진정한 금식기도가 아니다. 특히 장기금식기도인 경우 사람의 힘만으로 하는 것이 아니라 하나님께 도움을 간구하는 기도를 해야 한다. 성경 보는 시간을 많이 갖고, 묵상과 기도, 찬양을 하는 것이 좋다. 기간이 지날수록 추워지므로 옷을 따뜻하게 입고 몸을 춥게 하지 않는 것이 좋다.

장기금식기도의 경우에는 수발을 들 수 있는 보호자가 있어야 하며 가벼운 산책, 몸풀기 등 적당한 운동을 해야 한다. 목욕은 하지 않는 것이 좋고, 물은 적당히 음용하고, 너무 적거나 반대로 너무 많이 섭취해서는 안된다.

잠은 충분히 자야 하며 다른 기도자들과 함께 떠들거나 잡답하는 것은 피해야 한다. 또한 금식기도 중에는 음식의 금식기도 뿐만 아니라, 입의 금식(말 조심), 눈의 금식(볼 것만 보기), 마음의 금식 등도 함께 하는 것이 중요하다. 금식기도를 마친 후 교만에 빠져 이를 자랑해서는 안되며 자신이 받은 은혜를 잘 간직하는 지혜가 필요하다.