19세기에 들어서면서 프랑스에 큰 변화가 일어났다. 나폴레옹 보나파르트(1769-1821)는 군사독재정권을 수립한 후 1801년 로마 가톨릭교회와 국가 간의 협약을 제안하였다. 온전히 비종교적인 인물이었던 나폴레옹은 로마 가톨릭교회 안에 잘 조직되고, 자신의 정치 목적에 부합한 경찰제도가 존재한다는 사실을 알고 프랑스 내에 있는 가톨릭교회를 재건하였다. 그리고 1801년 7월 15일 협정서를 체결하였다. 그는 로마 가톨릭교회를 “프랑스시민들 대다수의 종교”로서 승인하였다.
로마 가톨릭교회는 법적으로 재정적으로 보장되었으나 국가의 지도 아래 있었다. 주교들은 국가에서 지명하고 교황이 임명하였으며, 하위 성직자들은 주교가 임명하지만 국가가 반대할 수 있었다. 성직자들은 국가에 대한 충성을 서약해야 했고, 국고로부터 금전급여가 지급되었다. 파괴되지 않았던 교회건물은 되돌려 받았으나 혁명에서 파괴되었던 물품들은 포기해야 했다.
1905년까지 이 협정은 유효하였다. 그러나 보나파르트와 교황 피우스 7세(1800-1823) 사이는 이미 1801년 협정체결 때부터 긴장관계에 놓여 있었다. 1809년 나폴레옹은 교황을 체포하여 프랑스로 압송했고 그가 물러날 때까지 구금되어 있었다. 1815년 6월18일 브뤼셀인근 15Km 거리의 워털루전투에서의 나폴레옹의 패전은 유럽의 새로운 질서를 가져왔다. 새로운 질서 확립을 위한 비엔나회의(1814-1815)에서는 교황의 영지를 회복시켰다.
교황권의 회복과 함께 교회국가는 1797년 이전에 성립되었던 상태로 되돌아갔다. 수많은 수도원들은 다시 문을 열고 중요한 국가의 직무는 성직자들에게로 돌아갔다. 1814년 8월 7일 교황의 교서를 통하여 예수회는 다시 회복되었으며 새롭게 모든 나라에서 급속히 재건되었다. 이러한 로마 가톨릭교회의 재건은 가톨릭교회의 신앙적인 발전을 옆으로 제쳐놓았다. 그리고 1830년 7월 혁명 이래로 예수회원들에 의하여 촉진되어졌던 강력한 교황주의의 흐름이 모든 나라들에 영향을 끼쳤다. 현대 교황주의의 근원지와 그것의 고유한 중심은 프랑스이었다. 1830년 급진적인 사람들과 연맹을 맺었고 벨기에서는 가톨릭교회가 정치적으로 승리하였고, 독일에서는 쾰른의 가톨릭논쟁에서 가톨릭교회가 패배하였다. 프랑스에서 1840년대에 교황주의는 사회, 궁전까지도 점령했다. 예수회 회원들을 중심하여 교육기관의 성직화를 위해 강력히 투쟁하여 1850년 고등학교에서, 1875년 대학에서 국가의 교육독점을 제거했다. 네덜란드에서는 예수회를 박해하고, 1830년에 성직자들이 결속하여 벨기에를 분리시켰다.
외부적 고립을 자초했던 교황 피우스 9세(1846-1878)는 1854년 12월에 성모 마리아가 어머니 안나의 몸에서 잉태될 때 원죄로 물들지 않았다는 무흠잉태설을 선포하였고, 제1차 바티칸공의회(1869-1870)에서 그것을 교의로 확정하였으나 많은 사람들을 실망시켰다. 피우스 9세는 재임 중 계속하여 많은 문제를 일으켰다. 또한 제1차 바티칸공의회에서 교황무오설을 가결하였다. 이를 통해 로마 가톨릭교회 내부에서는 교황권지상주의가 승리하였고, 콘스탄쯔공의회(1415-1418)에서 확정되었던 공의회주의는 패배하였다. 이 일로 제2차 바티칸공의회 이전까지 거의 100년간 동방교회와는 대화가 이루어지지 못했다. 교황무오설이 확정된 1870년 이탈리아 혁명가들은 로마를 점령하였고 교황은 모든 세속재산을 상실하였다. 20세기에 들어와서도 로마 가톨릭교회의 태도에는 변화가 일어나지 않았다. 그러나 세상과의 소통과 교회의 자기 개혁은 교황 요한 23세(1958-1963)가 개회한 제2차 바티칸공의회에서 시작되었다. 회의는 1962년 10월 11일부터 1965년 12월 8일까지 진행되었다. 요한 23세 사후에는 그의 계승자 파울루스 6세가 이 회의를 이끌었다. 회의 중에는 여러 가지 선언들이 공포되었다. 라틴어로 미사를 집례 하는 일에서 모국어로 미사를 집례 하도록 결의하였다. 교회가 인류를 향해 봉사하도록 강조하였고, 에큐메니칼운동을 위한 대화의 길을 열어놓았다.
1905년에 이르러 러시아 정교회는 신성교회감독회의를 없애고 총대주교제도를 부활시키라는 요구가 일어났다. 그러나 이는 짜르(황제)의 권한을 축소시키기 때문에 니콜라우스 2세는 1917년 3월 혁명이 일어날 때까지 차일피일 미루었다. 혁명이 일어나자 정교회는 국가의 지배로부터 벗어나기를 원했으나 레린 지도하의 볼세비키 정부는 1917년 12월 교회재산과 교회학교의 국유화를 선언하였다. 이에 총대주교 티콘은 1918년 1월 모든 볼세비스트들을 파문하였고, 볼세비키정부는 1918년 11월 23일 ‘교회와 국가, 학교와 교회의 분리에 관한 법령’ 공포로 맞섰다. 종교교육은 금지되었고, 교회건물은 국가가 관리하여 사용허가를 받아야 했다. 스탈린은 1943년 민족주의를 위하여 세르기우스를 러시아정교회의 총감독이 되도록 허락하였고 어느 정도 종교의 자유를 허용하였다. 75년간 공산주의의 강한 박해 속에서도 살아남은 정교회는 다시 활발해지고 있다.
