종교개혁 이 후에 프로테스탄트교회는 자체 내의 교리확립과 실천 목회적인 변혁과 제도 확립과 생존에 힘을 기울이느라고 선교에 관심을 가질 시간적인 여유가 없었다. 뿐만 아니라 루터교회와 개혁파 교회들 사이의 분열은 선교수행에 장애 요인이 되었다. 그러한 중에서도 세계선교에 진력하였던 루터교 신학자 유스티니안 폰 벨쯔(1621-1668)가 프로테스탄트교회의 선교의 선구자로 일컬어진다. 1640년에는 성경연구, 순교자들의 이야기, 신비주의자들의 글을 읽으면서 강력한 내적변화를 체험하여 복음적 금욕주의자가 되었다. 그는 “예수를 사랑하는 단체”를 만들어 우선 독일에서 교회의 개혁과 이교도의 개종을 위하여 기여하고자 했다. 또한 소책자들을 발행하여 루터교회가 사랑을 잃었음을 통박하고 영적 개혁의 필요성과 세계선교의 긴급성을 역설하였다. 폰 벨쯔는 당시 루터교회가 마 28장 18-19절의 선교에 대한 명령이 사도들에게 국한된 것처럼 이해하는 것을 비판하였다. 그가 당시 레겐스부르크에서 개최되었던 루터교회의에서 선교에 대한 호소를 하였으나 효과가 없었다. 1665년 그는 남아메리카의 북부 해안에 위치한 수리남으로 선교를 떠났다. 2년간의 선교 중 세상을 떠나게 되었다.
프로테스탄트교회의 활발한 선교활동은 경건주의자들과 모라비안 형제단들의 선교에게서 찾을 수 있다. 경건주의의 중심지 이었던 할레대학에서 선교에 대한 열망이 일어났다. 인도의 트랑쿠에바르를 식민지로 삼은 덴마크의 프리드리히 4세가 선교사 파송을 원할 때, 1706년 아우구스트 헤르만 프랑케(1633-1727)의 지도하에 남인도선교회가 창설되었다. 이는 프로테스탄트교회 역사에서 처음으로 조직되어졌던 선교사업 단체이었다. 바르톨로매우스 찌개발크(1682/83-1719)와 하인리히 프리츠샤우(1676/77-1752)가 처음 선교사로 파송되었다. 이 선교회는 60명의 선교사들을 파송하였고, 1845년까지 거의 150년간 계속되었다.
모라비안 형제단은 1722년 모라비안 형제들이 보헤미아 개혁과정에서 박해로 니콜라우스 루드비히 그라프 폰 친첸도르프(1700-1760)에게로 왔다. 친첸도르프는 그들에게 베르텔스도르프 주변의 자신의 소유지를 거주지로 주었다. 이곳에 헤른후트가 세워졌고 초기 정착기의 어려움을 극복하고 1727년 8월 13일 공동체가 세워졌다. 친첸도르프의 “보혈과 상처의 신학”을 토대하였으나 친첸도르프는 1735년에 모라비안 형제들과 관계를 맺었고, 1737년에 그들의 감독으로 임명되었다.
이 일로 친첸도르프만 작센주로부터 추방당했고, 1748년 작센선제후의 교회위원회를 통하여 합법성을 인정받아 1749년 돌아올 때까지 그의 부인이 공동체를 이끌었다. 그는 1760년 죽을 때까지 선교에 앞장섰고, 헤른훗트 형제단의 선교를 이끌었다. 이 작은 공동체는 150년간 2,158명의 선교사들을 해외로 파송했다. 모라비안 선교사들은 자비량 선교사들이었다. 그들은 선교지에 정착하기 위하여 목공과 농업기술들을 배워 토착민들에게 그 기술을 가르쳐 주면서 복음을 전하였다. 모라비안 신도들은 “세계는 나의 교구다.”라고 외치며 복음을 전하였던 존 웨슬리에게 회심하도록 매우 큰 영향을 끼쳤다. 웨슬리는 그들과 1735년 회심 후 1741년까지 매우 긴밀한 관계를 가졌으나 헤른훗트 방문 중에 할레경건주의를 알게 되면서 이들의 극단적인 교리 문제로 이들과의 관계를 단절하였다.
프로테스탄트교회의 선교는 본격적으로 18세기 말 윌리암 캐리(1761-1834)로부터 시작된다고 볼 수 있다. 히 13:13을 통해 세상과 타협하여 살던 삶을 회개하고 그리스도와 함께 고난과 능욕을 받을 것을 결심하였다. 1785년에는 침례교 목사가 되었고 레스터에 있는 교회에 부임하여 사역하는 동안 ‘쿡선장의 항해기’를 읽고 해외선교에 대한 열망과 비전을 갖게 되었다. 1792년 봄 노팅검에서 개최되었던 침례교 연합회 모임에서 캐리의 설교에 감동을 받아 침례교 선교회를 만들었으며, 첫 선교사로 캐리와 존 토마스를 세워 인도에 파송하였다. 1793년 11월 19일에 인도에 도착하였다. 1년 만에 벵갈어로 창세기, 마태복음, 마가복음, 야고보서를 번역하였다. 1800년 캐리는 덴마크 총독 관할의 세람포로 선교지를 옮겨 34년을 선교하였다.
19세기는 프로테스탄트교회 선교의 위대한 세기 이었다. 캐리뿐만이 아니라 복음주의자 핸리 마틴(1781-1812), 스코틀랜드의 최초 선교사 알렉산더 더프(1816-1878)가 열정적으로 선교하였다. 영국성공회 선교사 사무엘 마스덴(1764-1838)은 호주, 뉴질랜드, 태평양제도에서 40년 이상 선교하였으며, 미국 침례교 선교사 아도니람 저드슨(1788-1850)은 1813년부터 1850년까지 미얀마에서 선교하며 성경을 미안마어로 번역하였다. 로버트 모펫(1795-1883)과 데이빗 리빙스턴(1813-1873)은 남아프리카에서 선교하였고, 제2차 아편전쟁(1856-1860) 이후 그리스도교에 대한 중국의 관용정책과 더불어 1865년 허드슨 테일러(1832-1905)가 중국내지선교회를 만들어 선교하였다.
