헨리 지 아펜젤러는 1858년 2월 6일 미국 펜실바니아주 수더톤(Souderton)에서 태어났다. 그의 부모는 독일 루터교회 교인이었으며, 1882년에 랭카스터에 있는 개혁교회의 프랭클린 마샬 대학(Franklin and Marshall College)을 졸업했다.
그해 가을에 드루신학교(Drew Theolgocial Seminary)에 입학하여 3년의 정규과정을 마치게 됐고, 1884년 11월에 엘라 제이 닷지(Ella J. Dodge)와 결혼하고 감리교 한국선교부(the Korea Mission of the Methodist Episcopal Church)의 첫 선교사로 파송을 받아(1884년 12월) 샌프란시스코에서 출발하였다.

그는 샌프란시스코에서 파울러 감독에게 안수를 받고 1885년 2월에 샌프란시스코를 떠나 일본을 거쳐 1885년 4월 5일 부활주일에 재물포에 상륙하였다.
자기희생적인 섬김을 다하다가 마침내는 1902년 6월 11일 밤 성서번역위원회 회합의 일로 목포를 향하여 항해던 중 갑작스러운 선박 충돌사고로 말미암아 희생을 당하여 삶을 마쳤다.