가정교회 대다수가 정부에 등록하는 것을 원치 않음으로 인해 나타나는 문제, 사역자들의 신학적 기초 빈약으로 이단에 노출될 가능성이 있다는 점 등이 그것이다. 이밖에 교회 관리 미숙, 사회 참여에 대한 무관심 등도 극복해야 할 문제점이다. 또 많은 가정교회가 한국 선교사들과의 협력 사역을 원하지만 한국교회의 교파 이식 및 신학적인 문제로 가정 교회의 정통성이 흔들릴 것을 우려, 적극적으로 협력하지 못하고 있는 형편이다.
삼자교회도 내적인 갈등에 시달리고 있는 것으로 알려지고 있다. 삼자교회 지도자들 간의 이견, 신학적 입장 차이 등으로 어려움을 겪고 있다는 것이다. 삼자 신학노선과 관련, 삼자교회 목회자들이 사임하면서 가정교회에 합류하거나 퇴출되는 등 갈등을 겪고 있는 것으로 전해진다.
따라서 급변하는 상황에 있는 중국선교는 앞으로 치밀하게 그리고 신중하게 실행돼야 할 것이다. 첫째, 선교에 앞서 중국의 법제를 정확하게 이해하고 그들의 법을 존중하는 준법정신을 잊어서는 안된다. 둘째, 한국교회가 중국선교의 주체가 되려는 욕심을 버리고 중국 기독교인들로 하여금 중국선교의 주체가 되게 하고 한국의 사역자들은 조력자로서의 역할에 중점을 두어야 한다. 셋째, 물량적 선교 자세를 지양하고 신뢰감을 조성하는 일이 중요하다.
늦은 감은 있지만 중국선교 방안을 모색하기 위해 지난해 양국 교회가 한중 기독교 교류회라는 기구를 구성, 공식적인 선교 교류의 장을 연 것은 의미 있는 일이라 하겠다. 그러나 지금 한국교회가 유념해야 할 것은 삼자교회와 교류는 하되 가정교회 등 비공인 교회까지 아우를 수 있는 안목과 교제의 폭을 가져야 한다는 점이다. 또, 양국 교류 확대와 외국인 예배 장소 허가 등으로 오히려 선교사의 신분을 노출시킬 수 있다는 일부의 우려에도 귀기울여야 할 것이다. 앞으로 타 문화권 선교, 특히 중국선교가 지혜롭게 이뤄지길 바란다.