교회가 해당 고정자산의 처분일 현재 “3년 이상 계속하여 법령이나 정관에 규정된 고유목적사업(수익사업 제외)에 직접 사용”하는 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 법인세 과세대상에서 제외된다(법인세법 3조3항5호: 법인세령2조2항). 여기서 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용이란 처분일로부터 소급하여 3년 이상 중단 없이 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우로서, 보유기간 중 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 부득이한 사유발생은 동 규정 적용의 고려 요소가 아니다(서면법인 2016-5775, 2017.3.28.).
교회가 수익사업에 사용하던 부동산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우, 전입시 시가로 평가한 가액을 그 고정자산의 취득가액으로 보아 감면할 양도차익을 계산하여 고유목적사업에 사용한 기간분만 감면을 받을 수 있다. 이 규정은 2018. 2월 이후 수익사업에 사용하던 고정자산을 고유목적사업에 지출하거나 전입하는 분부터 적용한다.
과거에는 매각하기 전 3년간만 따져 고유목적사업에 사용하기만 하면 전액감면이 되었지만 앞으로는 수익사업에 사용했다면 그 기간 분은 감면되지 않는다. 양도 당시 비영리법인이 아닌 ‘거주자’로 취급되는 종교단체의 경우, 부동산을 3년 이상 고유목적 사업에 계속하여 사용했다 하더라도 법인이 아닌 거주자가 양도한 것으로 보기 때문에 양도소득세 과세대상이 된다.
선교사업에 목적을 두고 선교사의 선발, 훈련, 파송 및 관리, 효율적인 선교활동을 위한 행정적 지원 등을 목표로 설립된 법인으로 보는 단체인 교회가 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하기 위하여 해당 단체에 소속되어 종교의 보급, 기타 교화업무를 전업으로 하는 선교사에게 해외 선교를 하다가 잠시 귀국하여 선교를 위한 교육 및 추가 파송을 위한 준비를 할 경우, 국내에 거주할 주택으로 사용하기 위해 적립된 선교사 퇴직기금으로 부동산을 매입하여 선교사들의 숙소로 계속 사용하다가 사택으로 제공한 부동산을 처분하는 경우 각 사업연도소득에대한 법인세가 과세되지 않는다(사전법령해석 법인 2016-589, 2016.12.23.).
만일 교회에서 수익사업에 사용하던 부동산을 고유목적사업에 전입한 후에 처분하는 경우에는 전입시점의 시가로 평가한 가액을 해당 부동산의 취득가액으로 보고, 이 취득가액을 기준으로 처분으로 인한 양도차익을 계산한다. 물론 고유목적 사업에 전입한 후 3년이 지나면 법인세가 면제가 된다.
베들레헴교회 담임·기독교행정학 박사
