교회가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득, ‘보유’ 하는 부동산(해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속 토지를 포함한다)에 대하여 종교용도에 상시 사용하는 경우에는 종합부동산세, 재산세, 지역자원시설세 등을 면제한다. 수익사업에 사용하거나 유료로 사용되는 경우의 그 재산, 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대해서는 면제 받을 수 없다.
취득세는 ① 해당 부동산을 취득 후 5년 이내에 수익사업에 사용하거나 ② 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 정당한 사유 없이 해당 용도로 ‘직접 사용’ 하지 아니하거나 ③ 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각 · 증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 등 3가지 중 어느 하나에 해당이 되면 추징대상이 되는 반면, 재산세는 과세기준일 현재 기준으로 판단해 수익사업에 사용하는 경우(유료로 사용되는 경우 포함)에 그 해당부분에 대해서만 면제 대상에서 제외가 된다. 또한 취득세가 추징되었다고 해도 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는지 여부를 따져 재산세의 추징대상이 아니라면 재산세가 부과되지는 않는다. 교회의 부동산 일부에 불특정다수인에게 유료로 판매하는 카페를 운영하는 경우에는 사업장 면적을 기준으로 취득세 추징과 재산세 부과대상이 된다(조심2017지938,2017.11.15.). 병원내의 일부시설이 과세기준일 현재 무상으로 교회의 직접적인 종교 활동에 사용되고 수익사업에 사용되고 있지 않는 경우라면, 그 일부시설은 재산세 감면대상은 되나, 취득세는 종교단체가 아닌 제3자가 소유한 부동산이므로 감면대상이 아니다(서울세무-19682,2017.8.18.).
교회 부교역자가 사용한 사택용 부동산의 재산세 등은 필요불가결한 중추적인 지위에 있지 않기에 감면대상에 해당하지 않는다(서울세제-1062,2017.7.21.). 부족한 주차 공간 확보를 위해 교회에서 상당한 거리(약80ｍ)에 대지를 취득해 교회 신도들의 전용주차장으로 사용한 경우 재산세 부과 대상이 아니다(대법원2008.6.12. 선고2008두1368 판결). 교회 내 신도들의 편의를 위해 만든 ‘북카페’의 경우, 수익사업에 해당하지 아니한다고 보더라도 종교의 목적이 아닌 다른 용도로 사용하는 것으로 보아 취득세 및 재산세 부과된다(조심2014지1443,2015.5.4.).
베들레헴교회 담임·기독교행정학 박사
