법인세법에 따라 비영리법인의 법인세는 ‘수익사업’에 한해서 과세되므로, 교회가 수익사업을 영위하지 않으면 법인세 납세의무가 없다. 그러나 교회가 종교의 보급 기타 교화 활동이라는 고유목적사업 외에 임대업, 서점 운영 등 상품 판매업, 카페 운영업(휴게음식점), 구내식당 운영업 등 계속·반복적으로 사업을 영위하는 경우에는 수익사업으로 법인세가 과세 된다.
교회가 영위하고 있는 ‘수익사업’이 과세사업이라면 ‘수익사업개시신고’를 하고 ‘고유번호증’을 ‘사업자등록증’으로 발급 받아 수익사업을 착수해야 한다. 수익사업을 영위하면서도 수익사업개시신고를 하지 않으면 가산세를 부담하게 된다. 교회가 수익사업을 하게 되면 수익사업에서 발생한 소득(각 사업연도 소득)에 대해서는 법인세가 부과된다.
이에 따라 종교단체가 수익사업을 하게 되면 자산·부채나 손익을 수익사업회계와 수익사업이 아닌 목적사업회계로 각각 구분하여 기록해야 한다(법인세법113조1항). 교회가 수익사업을 영위하면 사업이나 재산별로 자산·부채나 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분 기장하여야 한다. 다만, 각 사업이나 재산별로 구분할 수 없는 공통적인 수입(공통익금)과 공통적인 비용(공통손금)은 구분하지 않아도 된다.
교회가 이자 · 할인액 등 이자소득(비영업대금의 이익은 제외)으로서 원천징수된 이자소득에 대하여는 법인세 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다(법인세법62조).
교회가 고유목적 사업이나 지정 기부금에 지출하기 위하여 ‘고유목적사업준비금’을 계상하는 경우 다음 금액의 합계액 범위 내에서 소득금액을 계산할 때 손금에 산입할 수 있다. 만약 외부감사인의 회계감사를 받는 교회가 고유목적사업준비금을 세무조정계산서에 계상하고 이익처분시 적립금으로 적립한 경우에도 세무상 손금으로 인정한다.
① 이자소득(비영업대금의 이익 즉, 개인 사채이자는 제외) ② 배당소득 ③ 수익사업에서 발생한 소득의 50%. 교회가 원천징수된 이자소득 · 배당소득 이 있는 경우 ‘고유목적사업준비금’을 설정하고 법인세 과세표준 신고납부 방식을 통해 법정신고기한까지 신고하면 이미 원천 납부한 법인세도 환급받을 수 있다.
베들레헴교회 담임·기독교행정학 박사
