종교인소득에 대한 원천징수할 의무가 있는 종교단체는 소득세법 시행령 ‘종교인소득 간이세액표’ 해당란의 세액을 기준으로 매월 종교인소득을 지급할 때 원천징수하여야 한다.
여기서 간이세액표란 종교단체가 소속 종교 관련 종사자에게 종교인소득을 지급할 때마다 원천징수할 소득세를 정한 원천징수세액 기준표를 말한다. 이는 다음과 같이 조회할 수 있다. 인터넷 홈택스 〉조회발급 〉기타조회 〉종교인소득 간이세액표. 간이세액 조견표의 해당세액은 종교단체가 종교인소득(기타소득)으로 지급시 연간 지급받는 금액이나 월지급액에 대하여 필요경비, 기본공제, 세액공제 수순을 반영하여 원천징수할 세액을 계산한 금액을 말한다.
간이세액표를 만들기 위한 적용산식으로는 【(매월 지급하는 소득×12 또는 연간 지급하는 소득)-(필요경비,80~20%)-기본공제, 연금소득공제】×세율(20%)-(총지급액 구간별 기부금, 연금계좌세액공제, 표준세액공제를 반영한 세액공제결과를 계산한 세액)÷12개월. 간이세액표에서 공제대상 가족의 수를 산정할 때 본인과 배우자도 각각 1명으로 보아 계산하며, 추가공제대상자, 자녀세액공제가 있는 경우 간이세액표 적용방법은 공제대상 가족 중 추가공제(경로우대, 장애인공제)가 있는 경우와 20세 이하의 자녀가 있는 경우 원천징수 세액은 (실제 공제대상 가족의 수+경로우대, 장애인공제대상 인원수, 20세 이하의 자녀의 수)에 해당하는 금액으로 한다. 공제대상 가족의 수가 10명을 초과하는 경우 10명의 세액으로 징수한다. 종교인소득을 지급하여야 할 종교단체가 1월부터 11월까지의 종교인소득을 해당 과세기간의 12월 31일까지 지급하지 아니한 경우에는 12월 31일에 그 종교인소득을 지급한 것으로 보아 소득세를 원친징수한다.
또한 종교단체가 12월분의 종교인소득을 다음 연도 2월 말까지 지급하지 아니한 경우에는 다음 연도 2월 말일에 그 종교인소득을 지급한 것으로 보아(지급시기 의제) 소득세를 원천징수한다. 종교인소득 원천징수의무자는 ‘종교인소득 원천징수부’를 갖추어 매월 기록하여야 한다. 이 경우 ‘종교인소득 원천징수부’를 전산처리된 테이프나 디스크 등으로 수록·보관하여 항상 출력이 가능한 상태에 둔 때에는 ‘종교인소득 원천징수부’를 갖추어 기록한 것으로 보게 된다.
또한 근로소득으로 원천징수를 할 경우에는 ‘근로소득 간이세액표’ 에 의하여 원천징수하고, 다른 근로소득처럼 똑같이 신용카드 등 사용액 소득공제를 비롯한 각종 공제사항을 적용하여 연말정산을 한다. 종교인소득이나 근로소득으로 선택하는 것에 따라 신고제도의 편의성 여부만 차이가 있는 것이 아니라 신고방법에 따라 소득의 종류가 달라지고 비과세, 필요경비, 소득·세액공제의 차이로 소득금액이나 세액이 달라지므로 유의해야 한다. 종교인소득을 지급하는 종교단체는 원칙적으로 기타소득이나 근로소득으로 원천징수를 하여야 한다.
하지만 현재로서는 다른 근로자에 대한 원천징수의무와는 달리 설사 원천징수를 하지 않은 경우에도 종교단체는 아무런 책임이 없다. 만약 종교단체가 원천징수를 하지 않은 경우 종교 관련 종사자는 다음 해 5월 말까지 종합소득세 과세표준확정신고를 하여야 한다. 종교단체가 원천징수도 하지 않고 종교 관련 소득자가 다음해 종합소득과세표준 확정신고도 하지 않은 경우 종합소득세는 물론 무신고·납부지연가산세까지 부담하게 된다.
