종교인소득 과세 관련 ‘종교단체’란 다음의 하나에 해당하며, 종교의 보급 그 밖에 교화를 목적으로 설립된 단체(그 소속단체를 포함)로서, 해당 종교관련종사자가 소속된 단체를 말한다(소득세 시행령42조). ①「민법」제32조에 따라 설립된 비영리법인(사단법인, 재단법인) ②「국세기본법」제13조 제4항에 따라 법인으로 보단 단체 ③「부동산등기법」제49조 제1항 제3호에 따라 등록번호를 부여 받은 법인 아닌 사단 · 재단. 한편 목사 1인이 대표자인 개별교회가 소속 교단이 있고, 독립적으로 운영되는 경우에는 별도의 ‘종교단체’로 보아 목사 1인에게 지급하는 종교인소득에 대해서 원천징수와 지급명세서를 제출할 수 있다.
종교인소득 과세 관련 ‘종교관련 종사자’(=종교인)이란「통계법」제22조에 따라 통계청장이 고시하는 ‘한국표준직업분류표’ 에 따른 ① 목사 · 신부 · 승려 · 교무 등 성직자와 ② 수녀와 수사 · 전도사 등 기타 종교관련종사자를 말한다. 그러므로 종교단체에 근무하는 반주자, 지휘자, 음향지원, 사무행정직원, 경비원, 운전기사 등은 종교관련종사자에 해당하지 않는다. 따라서 이들에게 지급하는 수당이나 급여는 계약형태에 따라 일반인들처럼 근로소득이나 기타소득으로 원천징수를 해야 한다.
또한 ‘종교인소득’ 이란 ① 종교관련종사자가 ② 종교의식을 집행하는 등 종교관련종사자로서의 활동과 관련하여 ③소속 종교단체로부터 받는 소득을 말한다(3가지 요건 충족). 종교인소득에는 종교관련종사자가 그 활동과 관련하여 현실적 퇴직을 원인으로 종교단체로부터 지급받는 소득(퇴직소득)은 제외한다. 퇴직소득은 세법상 다른 근로소득자의 퇴직소득과 동일하게 ‘퇴직소득’으로 과세된다. 다만 원로목사, 은퇴목사가 은퇴 후에도 계속적으로 종교행사를 집행하면서 받는 금액은 종교인소득으로 본다. 종교인소득은 종교관련종사자가 종교활동과 관련하여 종교단체로부터 받은 소득이므로, 종교단체 부설 복지시설에서 근로대가로 받는 소득은 근로소득으로 원천징수하여야 한다.
종교인이 종교활동과 관련하여 다른 종교단체로부터 사례비를 지급받은 경우 소속 종교단체가 아니라면 종교인소득에 해당되지 않는다.
종교인소득과 별개로 지급한 국민연금, 건강보험 본인부담분 지원액은 종교인소득에 포함된다. 직장가입자의 회사부담분을 종교단체가 납부하는 것은 종교단체의 고유한 비용 지출 (세금과공과 · 복리후생비 등)이므로 종교인소득이 아니다. 종교인이 종교단체의 고유한 종교활동에 사용하는 비용은 종교단체의 직접적인 예산지출이므로 비과세되는 자가운전보조금 규모(월20만원)를 초과했는지 여부와 관계없이 종교인소득에 해당하지 않는다. 종교인이 종교인소득을 받은 후 종교단체에 다시 헌금을 하였다 해도 종교단체가 당초 종교관련종사자에게 지급한 금액은 종교인소득이 되며, 헌금은 기부금공제를 받을 대상일 뿐이다.
