양도소득세는 토지나 건물 등의 부동산을 매각했을 때 발생하는 소득에 대해 부과하는 세금이다. 다만 법인이 양도소득세 과세대상이 되는 부동산 등을 양도하는 경우에는 양도소득세가 아닌 법인세가 부과된다. 법인으로 보는 교회(xxx-82-xxxxx)가 보유한 부동산을 매각하는 경우 원칙적으로 매각에 따른 양도차익에 대한 법인세가 ‘면제’ 된다. 다만 해당 부동산을 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 계속해서 3년 이상 직접 사용하지 않은 경우에는 양도차익에 대한 법인세를 납부해야 한다.
3년 이상 고유목적사업에 사용한 기산일은 교회에서 해당 부동산을 취득한 날이 기산일이 된다. 이러한 기산일을 기준으로 교회에서 보유 부동산을 처분한 날로부터 소급하여 ‘3년 이상 중단 없이 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 경우’에 법인세가 면제된다. 토지와 건물의 사용면적 전체가 고유목적사업에 직접 사용되었는지 여부는 동 부동산의 취득 또는 매각 경위, 이용현황 등을 종합적으로 검토하여 판단하는 것이다.
또한 법인으로 보는 교회가 고유목적사업의 필요에 의하여 교회건물의 일부를 증축하여 처분하는 경우의 사용기간 계산은 증축 전후의 기간을 통산하는 것이다(서면인터넷방문상담2팀-1357.2005.8.23). 교회가 사용하던 건물이 노후화되어 철거한 후 3년 이상이 경과되어 토지만을 매각한 경우 처분일 현재 3년간 고유목적사업에 사용된 것으로 보지 않는다(서울행정법원2013구합31554.2014.7.25). ‘보유기간 중 부득이하게 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 사유’에 대해서는 법인세 면제조건으로 인정하지 않는다.
법인으로 보는 교회에서 보유한 부동산의 일부를 직영카페, 식당, 임대 등의 수익사업에 사용하는 경우에는 ‘고유목적사업에 사용한 부동산과 구분해 안분계산’을 하고 수익사업에 사용한 부동산에 대한 양도차익에 대해서는 세금을 내야 한다. 교회에서 수익사업에 사용하던 부동산을 고유목적사업에 전입한 후에 처분하는 경우에는 전입시점의 시가로 평가한 가액을 해당 부동산의 취득가액으로 보고, 이 취득가액을 기준으로 하여 처분으로 인한 양도차익을 계산한다. 물론 고유목적사업에 전입한 후 3년이 지나면 법인세가 면제된다.
한편 법인으로 보는 교회에서 부동산을 처분하면서 발생한 양도소득에 대해서는 ‘소득세법’에 따른 ‘양도소득세’ 신고방법과 ‘법인세법’에 따른 ‘법인세’ 신고방법 중에서 하나를 선택할 수 있는 신고특례를 주고 있다. 개인으로 보는 교회(xxx-89-xxxxx)또는 목사 개인 명의의 부동산은 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용했더라도 ‘양도소득세과세대상’이 된다. 개인으로 보는 교회가 보유한 부동산을 고유목적사업에 직접 사용하다가 추후 법인으로 보는 교회로 승인을 받았다면 해당 부동산에 대한 법인세 면제 기산일은 해당 부동산을 고유목적사업에 직접 사용한 날부터 기산하게 된다(서면법인2016-4066.2016.9.9).
